Oprindelig har salmesangen ved gudstjenester i landsbykirkerne været ledet af degnene. Selv om der havde eksisteret orgler siden oldtiden, så var det kun i de større købstadskirker, der fandtes orgler før 1800 tallet, således fik Thisted kirke sit første orgel i 1616, men der skulle i almindelighed gå meget længere tid, inden landsbykirkerne fik deres orgler.

For Snedsteds vedkommende var anledningen ikke i første omgang for at styrke kirkesangen, men derimod et led i uddannelsen af lærere fra Snedsted Seminarium.

Da seminariet i 1830‘erne fik en lærer ved navn Tvilstedgaard, som rent faktisk var i stand til at undervise i orgelspil, ansøgte pastor G. P. Brammer, der både var sognepræst for Snedsted og Nørhå menigheder samt forstander for seminariet, Det danske Cancelli i København om en bevilling til at anskaffe et physharmonica, hvilket vil sige en art harmonium eller stueorgel til dette formål. Et sådant instrument var første gang blevet omtalt i 1810, og havde siden vundet en del udbredelse både i private hjem og som erstatning for et orgel i mindre kirker. Det var så meningen, at instrumentet skulle opstilles i kirken, dels fordi der ikke var plads til det i seminariets bygninger, dels for at eleverne kunne vænne sig til at lede kirkesangen, men for at få lov til at opstille

orglet i kirken, skulle man først indhente tilladelse hertil hos kirkens ejer, som på det tidspunkt var enken efter kammerråd Mogens Nyeborg til Nørhågård og Christianslyst i Thisted. Da denne tilladelse var opnået, blev instrumentet indkøbt hos Lohses musikforlag i København og sendt pr skib til Thisted og derfra fragtet til Snedsted.

Dette instrument blev opsat i kirken i 1840, men det varede ikke længe, før behovet for et bedre instrument meldte sig. Allerede i oktober 1841 havde seminariet inspektion af professor Rudolf Bay, der var en kendt komponist (bl. a. til »Vift stolt på Codans Bølge«) samtidig med, at han var kordegn ved Holmens Kirke i København og blandt de første, der øvede en betydelig indsats for at forbedre kirkesangen i Danmark.

Da han havde hørt physharmonicaet, foreslog han i sin indstilling til Det danske Cancellie, der var den myndighed, der skulle give bevillinger til De kongelige Seminarier, at dette »Orgelsurrogat« blev solgt og erstattet med et rigtigt orgel af passende dimensioner, hvilket pastor Brammer uforbeholdent bifaldt, dog ønskede han, at det gamle »physharmonica« måtte forblive somøveinstrument.

Professor Bays indstilling blev åbenbart straks accepteret af Cancelliet, for allerede den 12 april 1842 meddelte Cancelliet i et brev til biskop Fogtmann og stiftamtmanden i Aalborg, at efter at have modtaget deres indstilling vedrørende forslag til et nyt orgel til Snedsted kirke, havde man bedt amtmanden i Odense om at meddele orgelbygger Demant i Dalum Mølle de fremsendte oplysninger om kirken, så han kan opgive prisen på et nyt orgel.

Demant foreslog herefter, at for at det nye orgel skulle kunne opfylde sin bestemmelse, skulle det være på mindst 6 stemmer efter følgende disposition:
1. Principal 8 fod. Den underste oktav
quintadena
2. Gedact 8 fod.
3. Flüggara 4 fod.
4. Fløjte 4 fod.
5. Oktav 2 fod
6. Cornet 2 fod.
Alle udført i metal.

Et sådant orgel ville kunne leveres for 500 Rbd. for selve orglet hvortil kom 100 Rbd. for fragt og øvrige omkostninger, idet det forudsættes, at pulpituret vil afgive tilstrækkelig plads både til orglet og til seminariets elever, men det eksisterende aflukke, hvori physharmonicaet har stået, måtte nødvendigvis inddrages; så der blev ikke plads til at beholde det gamle instrument. Samtidig hermed havde Cancelliet samme dato bedt amtmanden i Odense meddele orgelbygger Demant, at tilbuddet er accepteret og betalingen vil blive erlagt, såsnart man fra seminariet modtog besked om, at orglet var forsvarligt opstillet.
Den 11/5 1843 modtog seminarieforstanderen (denne gang L. C. Müller) besked fra seminariedirektionen, at orgelbygger Demant blot skulle henvende sig, når orglet er færdigt, hvorefter forstanderen skulle meddele direktionen, når det er opsat.

Denne plan vakte ikke lutter begejstring hos kirkens ejer, for den 7. juni 1843 meddelte forstander Müller Det danske Cancelli, at han havde hørt et rygte gående ud på, at cand. jur. Nyeborg - en søn af fru Nyeborg på Nørhågård, der ejede størstedelen af Snedsted kirke - nok kunne bifalde, at der blev opsat et orgel i Snedsted kirke, men ikke så stort et orgel som det ovenfor omtalte. På grund af Cancelliets utvetydige indstillingen i sagen, mente forstander Müller, at det ville være overflødigt at henvende sig til fru Nyeborg eller sønnen, men han vil gerne erfare Cancelliets ønske om, hvad han skulle foretage sig, såfremt Nyeborg imod al forventning gjorde indsigelse mod orglets opstilling.

Der blev næppe rettet en sådan indsigelse, for af seminariets regnskabsbøger fremgår det, at det omtalte orgel blev opstillet i september 1843, idet man her finder regninger på de udgifter, der var forbundet med dets opstilling, der blev bl. a. fremstillet en forhøjning, somorglet skulle stå på samt en bræddevæg for at adskille det fra tårnet.

Det fremgår endvidere af regnskabet, at seminarietåbenbart bibeholdt det gamle physharmonica, idet der allerede i regnskabet for 1845 findes udgifter både til reparation af dette samt til reparation af døren ind til orglet i kirken; men allerede i november 1844 måtte man foretage en grundig reparation af kirkeloftet, fordi regn- og smeltevand trængte igennem loftet og ned til orglet.
Som det vil være bekendt blev Snedsted Seminarium i 1848 flyttet fra Snedsted til Ranum.

I forbindelse med flytningen handlede Müller helt på egen hånd, idet han uden at spørge seminariedirektionen lod orglet flytte fra Snedsted til Ranum, hvilket åbenbart ikke var efter direktionens ønske, i hvert fald skriver Müller i et brev dateret 20/12 1848, at det smerter ham meget at erfare, at direktionen ikke billigede denne flytning; men som undskyldning fremførte han, at i denne periode opholdt orgelbygger Demant sig i Jylland med en medhjælper og sine redskaber, hvorfor flytningen ville kunne udføres for halvdelen af den pris, der normalt skulle betales. Om det så var sagens økonomiske aspekt, eller det for Müller først og fremmest drejede sig om at bevare orglet for seminariet må stå hen i det uvisse. Man kan så spørge, hvor blev orglet så opstillet, for Ranum fik først sin egen kirke i 1909, før den tid benyttede man Bjørnsholm kirke, men der havde man sit eget orgel omend i en meget dårlig tilstand, eller man benyttede Malle kirke.

Hvordan man efter 1848 klarede sig i Snedsted kirke er ikke nemt at se, muligvis har man tyet til det gamle physharmonica; men i 1907 blev der opsat et mindre orgel udført af orgelbygger N. C. Christensen, Snedsted. Der var i dette tilfælde tale om et pibeorgel, hvor organisten selv skulle træde blæsebælgen. I 1950 blev et større orgel opstillet i Snedsted kirke. Der var ikke tale om et nyt orgel, tværtimod havde det ført en ret omflakkende tilværelse. Da det blev taget ned i 1994 fandt man et dokument gemt i orglet, der fortæller, at i 1877 blev Skagen kirkes orgel ombygget med nyt vindlad, mekanik og tastatur. Denne beskrivelse var underskrevet Aarhus den 24/5 1877; I. A. Demant altså den samme orgelbygger, der havde fået overdraget opgaven at bygge det første orgel i 1842, men nu bosat i Århus.

Efter at have stået i Skagens kirke, blev orglets klaviatur i 1938 udvidet fra 49 til 56 tangenter samt med et pedal og derefter opstillet i den katolsk-apostolske kirke i Århus. I 1950 gennemgik det en hovedreparation hos orgelbygger J. A. Zakariassen i Århus, hvorefter det blev opstillet i Snedsted kirke i maj 1950.
Dette orgel virkede så indtil det nuværende orgel, der er bygget af firmaet Bruno Christensen og sønner i Tinglev, blev opstillet i 1994. Dette orgel er væsentlig større end nogle af de tidligere orgler, idet det har 2 manualer.